Artikel

Danos, Vincent ; Koeppl, Heinz (2024)
Self-assembly and Self-organization in Computer Science and Biology.
In: Dagstuhl Reports, 5 (9)
doi: 10.26083/tuprints-00026922
Artikel, Zweitveröffentlichung, Verlagsversion

Benenson, Yaakov ; Dalchau, Neil ; Koeppl, Heinz ; Maler, Oded (2024)
Formal Methods for the Synthesis of Biomolecular Circuits.
In: Dagstuhl Reports, 8 (2)
doi: 10.26083/tuprints-00026921
Artikel, Zweitveröffentlichung, Verlagsversion

Kramat, Janice ; Kraus, Leon ; Gunawan, Vincent J. ; Smyej, Elias ; Froehlich, Philipp ; Weber, Tim E. ; Spiehl, Dieter ; Koeppl, Heinz ; Blaeser, Andreas ; Suess, Beatrix (2024)
Sensing levofloxacin with an RNA aptamer as a bioreceptor.
In: Biosensors, 14 (1)
doi: 10.3390/bios14010056
Artikel, Bibliographie

Vockenhuber, Michael-Paul ; Hoetzel, Janis ; Maurer, Lisa-Marie ; Fröhlich, Philipp ; Weiler, Sigrid ; Muller, Yves A. ; Koeppl, Heinz ; Suess, Beatrix (2024)
A novel RNA aptamer as synthetic inducer of DasR controlled transcription.
In: ACS synthetic biology, 13 (1)
doi: 10.1021/acssynbio.3c00553
Artikel, Bibliographie

Tahir, Anam ; Alt, Bastian ; Rizk, Amr ; Koeppl, Heinz (2023)
Load Balancing in Compute Clusters with Delayed Feedback.
In: IEEE Transactions on Computers, 72 (6)
doi: 10.1109/TC.2022.3215907
Artikel, Bibliographie

Engelmann, Nicolai ; Schwarz, Tobias ; Kubaczka, Erik ; Hochberger, Christian ; Koeppl, Heinz (2023)
Context-Aware Technology Mapping in Genetic Design Automation.
In: ACS Synthetic Biology, 12 (2)
doi: 10.1021/acssynbio.2c00361
Artikel, Bibliographie

Fabian, C. ; Cui, K. ; Koeppl, H. (2023)
Mean Field Games on Weighted and Directed Graphs via Colored Digraphons.
In: IEEE Control Systems Letters, 7
doi: 10.1109/LCSYS.2022.3227453
Artikel, Bibliographie

Cui, Kai ; KhudaBukhsh, Wasiur R. ; Koeppl, Heinz (2022)
Hypergraphon mean field games.
In: Chaos: An Interdisciplinary Journal of Nonlinear Science, 32 (11)
doi: 10.1063/5.0093758
Artikel, Bibliographie

Weber, Wadim ; Roeder, Markus ; Probanowski, Tobias ; Yang, Jie ; Abujubara, Helal ; Koeppl, Heinz ; Tietze, Alesia ; Stein, Viktor (2022)
Functional Nanopore Screen: A Versatile High-Throughput Assay to Study and Engineer Protein Nanopores in Escherichia coli.
In: ACS synthetic biology, 11 (6)
doi: 10.1021/acssynbio.1c00635
Artikel, Bibliographie

Kruk, Nikita ; Carrillo, José A. ; Koeppl, Heinz (2022)
Traveling bands, clouds, and vortices of chiral active matter.
In: Physical Review E, 102 (2)
doi: 10.26083/tuprints-00021567
Artikel, Zweitveröffentlichung, Verlagsversion

Kar, Sounak ; Rehrmann, Robin ; Mukhopadhyay, Arpan ; Alt, Bastian ; Ciucu, Florin ; Koeppl, Heinz ; Binnig, Carsten ; Rizk, Amr (2022)
On the Throughput Optimization in Large-scale Batch-processing Systems.
In: Performance Evaluation, 144
doi: 10.26083/tuprints-00021522
Artikel, Zweitveröffentlichung, Postprint

Kruk, Nikita ; Maistrenko, Yuriy ; Koeppl, Heinz (2022)
Solitary states in the mean-field limit.
In: Chaos: An Interdisciplinary Journal of Nonlinear Science, 30 (11)
doi: 10.26083/tuprints-00021568
Artikel, Zweitveröffentlichung, Verlagsversion

Khuda Bukhsh, Wasiur R. ; Kar, Sounak ; Alt, Bastian ; Rizk, Amr ; Koeppl, Heinz (2022)
Generalized Cost-Based Job Scheduling in Very Large Heterogeneous Cluster Systems.
In: IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems, 31 (11)
doi: 10.26083/tuprints-00021667
Artikel, Zweitveröffentlichung, Postprint

Kumar, Sunil ; Lun, Xiao-Kang ; Bodenmiller, Bernd ; Rodríguez Martínez, María ; Koeppl, Heinz (2022)
Stabilized Reconstruction of Signaling Networks from Single-Cell Cue-Response Data.
In: Scientific Reports, 10 (1)
doi: 10.26083/tuprints-00021513
Artikel, Zweitveröffentlichung, Verlagsversion

Köhs, Lukas ; Kukovetz, Kerri ; Rauh, Oliver ; Koeppl, Heinz (2022)
Nonparametric Bayesian inference for meta-stable conformational dynamics.
In: Physical Biology, 19 (5)
doi: 10.1088/1478-3975/ac885e
Artikel, Bibliographie

Ion, Ion Gabriel ; Wildner, C. ; Loukrezis, D. ; Koeppl, H. ; De Gersem, H. (2021)
Tensor-train approximation of the chemical master equation and its application for parameter inference.
In: The Journal of Chemical Physics, 155 (3)
doi: 10.1063/5.0045521
Artikel, Bibliographie

Hill, Steven M. ; Heiser, Laura M. ; Cokelaer, Thomas ; Unger, Michael ; Nesser, Nicole K. ; Carlin, Daniel E. ; Zhang, Yang ; Sokolov, Artem ; Paull, Evan O. ; Wong, Chris K. ; Graim, Kiley ; Bivol, Adrian ; Wang, Haizhou ; Zhu, Fan ; Afsari, Bahman ; Danilova, Ludmila V. ; Favorov, Alexander V. ; Lee, Wai Shing ; Taylor, Dane ; Hu, Chenyue W. ; Long, Byron L. ; Noren, David P. ; Bisberg, Alexander J. ; Mills, Gordon B. ; Gray, Joe W. ; Kellen, Michael ; Norman, Thea ; Friend, Stephen ; Qutub, Amina A. ; Fertig, Elana J. ; Guan, Yuanfang ; Song, Mingzhou ; Stuart, Joshua M. ; Spellman, Paul T. ; Koeppl, Heinz ; Stolovitzky, Gustavo ; Saez-Rodriguez, Julio ; Mukherjee, Sach (2016)
Inferring causal molecular networks: empirical assessment through a community-based effort.
In: Nature Methods, 13 (4)
doi: 10.1038/nmeth.3773
Artikel, Bibliographie

Sulaimanov, Nurgazy ; Koeppl, Heinz (2016)
Graph reconstruction using covariance-based methods.
In: EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology
doi: 10.1186/s13637-016-0052-y
Artikel, Bibliographie

Konferenzveröffentlichung

Reich, Christoph ; Prangemeier, Tim ; Koeppl, Heinz (2023)
The TYC Dataset for Understanding Instance-Level Semantics and Motions of Cells in Microstructures.
International Conference on Computer Vision (ICCV 2023). Paris, France (02.-06.10.2023)
doi: 10.1109/ICCVW60793.2023.00426
Konferenzveröffentlichung, Bibliographie

Weil, Jannis ; Alkhalili, Yassin ; Tahir, Anam ; Gruczyk, Thomas ; Meuser, Tobias ; Mu, Mu ; Koeppl, Heinz ; Mauthe, Andreas (2023)
Modeling Quality of Experience for Compressed Point Cloud Sequences based on a Subjective Study.
15th International Conference on Quality of Multimedia Experience. Ghent, Belgium (20.06. - 22.06.2023)
doi: 10.1109/QoMEX58391.2023.10178579
Konferenzveröffentlichung, Bibliographie

Tahir, A. ; Cui, K. ; Koeppl, H. (2023)
Learning Mean-Field Control for Delayed Information Load Balancing in Large Queuing Systems.
51st International Conference on Parallel Processing. Bordeaux, France (29.08.2022 - 01.09.2022)
doi: 10.1145/3545008.3545025
Konferenzveröffentlichung, Bibliographie

Cui, Kai ; Baumgärtner, Lars ; Yilmaz, Mustafa Burak ; Li, Mengguang ; Fabian, Christian ; Becker, Benjamin ; Xiang, Lin ; Bauer, Maximilian ; Koeppl, Heinz (2023)
UAV swarms for joint data ferrying and dynamic cell coverage via optimal transport descent and quadratic assignment.
IEEE 48th Conference on Local Computer Networks (LCN). Daytona Beach, FL, USA (02.10. - 05.10.2023)
doi: 10.1109/lcn58197.2023.10223388
Konferenzveröffentlichung, Bibliographie

Cetin, Ozdemir ; Chen, Mingzhi ; Ziegler, Paul ; Wild, Peter ; Koeppl, Heinz (2022)
Deep learning-based restaining of histopathological images.
International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2022). Las Vegas, USA (06.-08.12.2022)
doi: 10.1109/BIBM55620.2022.9994934
Konferenzveröffentlichung, Bibliographie

Engelmann, Nicolai ; Koeppl, Heinz (2022)
Forward-Backward Latent State Inference for Hidden Continuous-Time semi-Markov Chains.
36th Conference on Neural Information Processing Systems (NeurIPS 2022). New Orleans, USA (28.11.-09.12.2022)
Konferenzveröffentlichung, Bibliographie

Schultheis, Matthias ; Rothkopf, Constantin A. ; Koeppl, Heinz (2022)
Reinforcement Learning with Non-Exponential Discounting.
36th Conference on Neural Information Processing Systems (NeurIPS 2022). New Orleans, USA (28.11.-09.12.2022)
Konferenzveröffentlichung, Bibliographie

Engelmann, Nicolai ; Linzner, Dominik ; Koeppl, Heinz (2022)
Continuous Time Bayesian Networks with Clocks.
37th International Conference on Machine Learning. Online (12.-18.07.2020)
doi: 10.26083/tuprints-00021516
Konferenzveröffentlichung, Zweitveröffentlichung, Verlagsversion

Prangemeier, Tim ; Wildner, Christian ; Françani, André O. ; Reich, Christoph ; Koeppl, Heinz (2022)
Multiclass Yeast Segmentation in Microstructured Environments with Deep Learning.
IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (IEEE CIBCB). Online (27.-29.10.2020)
doi: 10.26083/tuprints-00021524
Konferenzveröffentlichung, Zweitveröffentlichung, Postprint

Yang, Sikun ; Koeppl, Heinz (2022)
The Hawkes Edge Partition Model for Continuous-time Event-based Temporal Networks.
Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence (UAI). Online (03.-06.08.2020)
doi: 10.26083/tuprints-00021515
Konferenzveröffentlichung, Zweitveröffentlichung, Verlagsversion

Prangemeier, Tim ; Reich, Christoph ; Koeppl, Heinz (2022)
Attention-Based Transformers for Instance Segmentation of Cells in Microstructures.
IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (IEEE BIBM 2020). virtual Conference (16.-19.12.2020)
doi: 10.26083/tuprints-00021666
Konferenzveröffentlichung, Zweitveröffentlichung, Postprint

Wildner, Christian ; Koeppl, Heinz (2022)
Moment-Based Variational Inference for Stochastic Differential Equations.
24th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics (AISTATS) 2021. Virtual (13.-15.04.2021)
doi: 10.26083/tuprints-00021512
Konferenzveröffentlichung, Zweitveröffentlichung, Verlagsversion

Cui, Kai ; Koeppl, Heinz (2022)
Approximately Solving Mean Field Games via Entropy-Regularized Deep Reinforcement Learning.
24th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics (AISTATS) 2021. Virtual (13.-15.04.2021)
doi: 10.26083/tuprints-00021511
Konferenzveröffentlichung, Zweitveröffentlichung, Verlagsversion

Cui, K. ; Yilmaz, M. B. ; Tahir, A. ; Klein, A. ; Koeppl, H. (2022)
Optimal Offloading Strategies for Edge-Computing via Mean-Field Games and Control.
Rio de Janeiro, Brazil
doi: 10.1109/GLOBECOM48099.2022.10001412
Konferenzveröffentlichung, Bibliographie

Jia, Jiekai ; Tahir, Anam ; Koeppl, Heinz (2022)
Decentralized Coordination in Partially Observable Queueing Networks.
GLOBECOM 2022 - 2022 IEEE Global Communications Conference. Rio de Janeiro (04.-08.12.2022)
doi: 10.1109/GLOBECOM48099.2022.10001584
Konferenzveröffentlichung, Bibliographie

Dissertation

Köhs, Lukas (2023)
Bayesian inference and learning in switching biological systems.
Technische Universität Darmstadt
doi: 10.26083/tuprints-00023022
Dissertation, Erstveröffentlichung, Verlagsversion