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Development and Screening of promiscuous aldolases

Glesner, Tobias (2024)
Development and Screening of promiscuous aldolases.
Technische Universität Darmstadt
doi: 10.26083/tuprints-00028405
Dissertation, Erstveröffentlichung, Verlagsversion

Kurzbeschreibung (Abstract)

Aldolases are enzymes that play a crucial role in the metabolism of carbohydrates. These enzymes belong to the class of lyases and exhibit catalytic activity, especially in the Aldol reaction, where aldehydes or ketones react with an electrophile to form an aldol bond. Despite impressive achievements in the development of aldolases, their application has been highly specific, such as in the synthesis of building blocks for statin synthesis, as seen in the case of DERA. The significant restriction regarding accepted donors for the aldol reaction in aldolases has limited their widespread use in industrial applications. Geometric analysis of the active center based on existing crystal structures allows for the expansion of aldolase catalytic activity through mutagenesis. The goal is to enlarge the existing space in the active center. In this study, EcDERA enzyme was used as the starting aldolase, which already carries a single-point mutation (F200I) on the surface. Enzyme libraries with up to three additional point mutations in the active center were generated based on the analysis of existing crystal structures. The introduced mutations, all located in the active center, aim to expand the available space by introducing "space-saving" mutations with smaller amino acids. Wild-type EcDERA accepts acetaldehyde, acetone, propanal, and fluoroacetone as donors, demonstrating a relaxed donor spectrum compared to other known aldolases. The introduction of mutations in the active center aims to enable the acceptance of cyclic ketones such as cyclobutanone, cyclopentanone, and cyclohexanone. Additionally, other ketones like chloroacetone, butanone, 1-hydroxybutanone, and many others were tested for activity. The hypothesis that cyclic ketones could be accepted was confirmed. Some enzymes from the mutagenic EcDERA library were able to convert cyclopentanone, but none of the enzyme variants showed activity for cyclobutanone and cyclohexanone. Due to the limited success of the mutagenic EcDERA library and the availability of metagenomic enzyme libraries DERA and FSA from our partner Prozomix®, these were used to find active enzymes for the selection of donors. The use of metagenomic enzyme libraries expanded the known donor spectrum for DERA by three donors. New, previously unknown activities for DERA enzymes included i-valeraldehyde as an acceptor with butanone, methoxyacetone, and chloroacetone. Notably, an aliphatic acceptor was used, unlike the examples presented in the literature, mainly generated with D-glyceraldehyde-3-phosphate, where the natural acceptor compensates for the lower activity with unnatural donors. Thus, the results represent a significant step towards the universal application of aldolases for the production of fine chemicals. The third chapter of this thesis deals with the effects of inorganic salts on enzyme stability. In 1888, Franz Hofmeister published the results of his study "Zur Lehre der Wirkung der Salze" on the salting-out behavior of protein-containing solutions under the influence of inorganic salts. For his experiment, Hofmeister used separated liquid from beaten eggs, which settled overnight. After adding concentrated salt solutions, he observed different time spans until the 246 first signs of precipitated protein appeared in the form of a whitish cloudiness. His results led to the still-relevant "Lyotropic Series" or colloquially known as the Hofmeister series. For this study, the influence of inorganic salts and other compounds on the thermostability of three example enzymes was analyzed. The enzymes used include lysozyme from Gallus gallus, alcohol dehydrogenase from Saccharomyces cerevisiae, and FSA from Escherichia coli. NanoDSF equipment was used to determine the melting point of enzymes in aqueous solution for assessing thermostability. The methodology allows determining the melting point of a total of 48 aqueous protein samples based on intrinsic tryptophane fluorescence within an hour, depending on the temperature gradients used. The literature standard for the temperature gradient is 1°C/minute, and the Prometheus device from NanoTemper can heat the sample up to 115°C, making the methodology suitable for high-throughput screenings of (hyper)thermophilic enzyme libraries. The results of this study confirm the Hofmeister series from 1888. With high salt concentrations, the trend of the Hofmeister series was observed for all tested enzymes. Particularly, the destabilizing portion of the series exhibited consistent behavior with Hofmeister's results

Typ des Eintrags: Dissertation
Erschienen: 2024
Autor(en): Glesner, Tobias
Art des Eintrags: Erstveröffentlichung
Titel: Development and Screening of promiscuous aldolases
Sprache: Englisch
Referenten: Fessner, Prof. Dr. Wolf-Dieter ; Schmitz, Prof. Dr. Katja
Publikationsjahr: 16 Dezember 2024
Ort: Darmstadt
Kollation: 246 Seiten
Datum der mündlichen Prüfung: 6 Mai 2024
DOI: 10.26083/tuprints-00028405
URL / URN: https://tuprints.ulb.tu-darmstadt.de/28405
Kurzbeschreibung (Abstract):

Aldolases are enzymes that play a crucial role in the metabolism of carbohydrates. These enzymes belong to the class of lyases and exhibit catalytic activity, especially in the Aldol reaction, where aldehydes or ketones react with an electrophile to form an aldol bond. Despite impressive achievements in the development of aldolases, their application has been highly specific, such as in the synthesis of building blocks for statin synthesis, as seen in the case of DERA. The significant restriction regarding accepted donors for the aldol reaction in aldolases has limited their widespread use in industrial applications. Geometric analysis of the active center based on existing crystal structures allows for the expansion of aldolase catalytic activity through mutagenesis. The goal is to enlarge the existing space in the active center. In this study, EcDERA enzyme was used as the starting aldolase, which already carries a single-point mutation (F200I) on the surface. Enzyme libraries with up to three additional point mutations in the active center were generated based on the analysis of existing crystal structures. The introduced mutations, all located in the active center, aim to expand the available space by introducing "space-saving" mutations with smaller amino acids. Wild-type EcDERA accepts acetaldehyde, acetone, propanal, and fluoroacetone as donors, demonstrating a relaxed donor spectrum compared to other known aldolases. The introduction of mutations in the active center aims to enable the acceptance of cyclic ketones such as cyclobutanone, cyclopentanone, and cyclohexanone. Additionally, other ketones like chloroacetone, butanone, 1-hydroxybutanone, and many others were tested for activity. The hypothesis that cyclic ketones could be accepted was confirmed. Some enzymes from the mutagenic EcDERA library were able to convert cyclopentanone, but none of the enzyme variants showed activity for cyclobutanone and cyclohexanone. Due to the limited success of the mutagenic EcDERA library and the availability of metagenomic enzyme libraries DERA and FSA from our partner Prozomix®, these were used to find active enzymes for the selection of donors. The use of metagenomic enzyme libraries expanded the known donor spectrum for DERA by three donors. New, previously unknown activities for DERA enzymes included i-valeraldehyde as an acceptor with butanone, methoxyacetone, and chloroacetone. Notably, an aliphatic acceptor was used, unlike the examples presented in the literature, mainly generated with D-glyceraldehyde-3-phosphate, where the natural acceptor compensates for the lower activity with unnatural donors. Thus, the results represent a significant step towards the universal application of aldolases for the production of fine chemicals. The third chapter of this thesis deals with the effects of inorganic salts on enzyme stability. In 1888, Franz Hofmeister published the results of his study "Zur Lehre der Wirkung der Salze" on the salting-out behavior of protein-containing solutions under the influence of inorganic salts. For his experiment, Hofmeister used separated liquid from beaten eggs, which settled overnight. After adding concentrated salt solutions, he observed different time spans until the 246 first signs of precipitated protein appeared in the form of a whitish cloudiness. His results led to the still-relevant "Lyotropic Series" or colloquially known as the Hofmeister series. For this study, the influence of inorganic salts and other compounds on the thermostability of three example enzymes was analyzed. The enzymes used include lysozyme from Gallus gallus, alcohol dehydrogenase from Saccharomyces cerevisiae, and FSA from Escherichia coli. NanoDSF equipment was used to determine the melting point of enzymes in aqueous solution for assessing thermostability. The methodology allows determining the melting point of a total of 48 aqueous protein samples based on intrinsic tryptophane fluorescence within an hour, depending on the temperature gradients used. The literature standard for the temperature gradient is 1°C/minute, and the Prometheus device from NanoTemper can heat the sample up to 115°C, making the methodology suitable for high-throughput screenings of (hyper)thermophilic enzyme libraries. The results of this study confirm the Hofmeister series from 1888. With high salt concentrations, the trend of the Hofmeister series was observed for all tested enzymes. Particularly, the destabilizing portion of the series exhibited consistent behavior with Hofmeister's results

Alternatives oder übersetztes Abstract:
Alternatives AbstractSprache

Aldolasen sind Enzyme, die eine entscheidende Rolle im Stoffwechsel von Kohlenhydraten spielen. Diese Enzyme gehören zu der Klasse der Lyasen und zeigen insbesondere in Aldolreaktion katalytische Aktivität, bei welcher Aldehyde oder Ketone mit einem Elektrophil reagieren und so eine Aldolbindung bilden. Trotz der beeindruckenden Errungenschaften in der Entwicklung von Aldolasen, wurden diese bisher nur sehr spezifisch eingesetzt, wie z.B. für die Synthese von Building Blocks für die industrielle Produktion von Statinen für den Fall von DERA. Die starke Restriktion bei Aldolasen bezüglich der akzeptierten Donoren für die Aldolreaktion schränkte die breitflächige Verwendung jedoch ein. Durch die geometrische Analyse des aktiven Zentrums auf Basis vorhandener Kristallstrukturen ist es möglich die katalytische Aktivität von Aldolasen mittels Mutagenese zu erweitern. Hierbei ist das Ziel den vorhandenen Platz in dem aktiven Zentrum zu erweitern und damit das Substratspektrum zu erweitern. In dieser Arbeit wurde als Ausgangsaldolase EcDERA verwendet, welche schon eine Einzelpunktmutation (F200I) auf der Oberfläche trägt. Durch Analyse des aktiven Zentrums auf Basis vorhandener Kristallstrukturen wurden Enzymbibliotheken generiert, welche bis zu drei weiteren Mutationen tragen. Die eingeführten Mutationen befinden sich alle im aktiven Zentrum mit dem Ziel den vorhandenen Platz zu erweitern durch Einführung von „platzsparenden“ Mutationen mit kleineren Aminosäuren. EcDERA akzeptiert als Wildtyp Acetaldehyd, Aceton, Propanal und Fluoroaceton als Donor und zeigt damit ein entspanntes Donorspektrum im Vergleich zu anderen erforschten Aldolasen. Durch die Einführung der Mutationen im aktiven Zentrum sollten zyklische Ketone wie Cyclobutanon, Cyclopentanon und Cyclohexanon akzeptiert werden. Zusätzlich wurden weitere Ketone wie Chloraceton, Butanon, 1-Hydroxybutanon und weitere auf Aktivität getestet. Die Hypothese, dass zyklische Ketone akzeptiert werden können bestätigte sich. Einige der modifizierten Enzyme der mutagenen EcDERA-Bibliothek waren in der Lage Cyclopentanon als Donor umzusetzen, jedoch zeigte keiner der Enzymvarianten Aktivität für Cyclobutanon und Cyclohexanon. Aufgrund des limitierten Erfolgs der mutagenen EcDERA-Bibliothek und der Verfügbarkeit der metagenomischen Enzymbibliotheken DERA und FSA unseres Partners Prozomix®, wurden diese verwendet um aktive Enzyme für die Auswahl der getesteten Donoren zu finden. Durch die Verwendung metagenomischer Enzymbibliotheken konnte das aus der Literatur bekannte Donorenspektrum für DERA erweitert werden. Als neue bisher unbekannte Aktivitäten für DERA-Enzyme konnte i-Valeraldehyd als Akzeptor mit Butanon, Methoxyaceton und Chloraceton umgesetzt werden. Bemerkenswert ist hierbei die Verwendung eines aliphatischen Akzeptors anstatt des natürlichen Akzeptors D-Glyceraldehyde-3-phosphat. Die in der Literatur präsentierten Beispiele sind hauptsächlich mit D-Glyceraldehyde-3-phosphat generiert worden, wobei D-Glyceraldehyde-3-phosphat als natürlicher Akzeptor die verminderte Aktivität unnatürlicher Donoren kompensiert. Somit stellen die präsentierten 244 Ergebnisse einen großen Schritt zur universellen, synthetischen Verwendung von Aldolasen für die Produktion von Feinchemikalien dar. Das dritte Kapitel der vorliegenden Arbeit beschäftigt sich mit der Wirkung von anorganischen Salzen auf die Stabilität von Enzymen. Im Jahr 1888 wurde von Franz Hofmeister die Publikation “Zur Lehre der Wirkung der Salze“ seine Ergebnisse publiziert, welche sich mit dem Aussalzverhalten von proteinhaltigen Lösungen unter Einfluss von anorganischen Salzen beschäftigt hat. Für sein Experiment verwendete Hofmeister separierte Flüssigkeit von geschlagenen Eiern, welche sich über Nacht absetzte. Nach Zugabe konzentrierter Salzlösungen beobachtete er die unterschiedlichen Zeitspannen die sich ergaben, bis erste Zeichen von ausgefallenem Protein sichtbar waren in Form einer weißlichen Trübung. Seine Ergebnisse resultierten in der bis heute relevanten „Lyotropen Serie“ oder auch umgangssprachlich Hofmeister-Serie. Für die vorliegende Arbeit wurde die Beeinflussung der Thermostabilität durch anorganische Salze und weiteren Verbindungen von drei Beispielenzymen analysiert. Die verwendeten Enzyme umfassen Lysozym von Gallus gallus, Alkoholdehydrogenase von Sachharomyces cerevisiae und FSA von Escherichia coli. Für die Bestimmung der Thermostabilität wurde nanoDSF Equipment eingesetzt für die Bestimmung des Schmelzpunkts der Enzyme in wässriger Lösung. Die Methodik erlaubt es den Schmelzpunkt von insgesamt 48 wässrigen Proteinproben basierend auf der intrinsischen Fluoreszenz von Tryptophan in einem Zeitrahmen unterhalb einer Stunde abhängig von verwendeten Temperaturgradienten zu bestimmen. Der verwendete Literaturstandard liegt bei 1°C/Minute. Mit dem verwendeten Gerät „Prometheus“ von NanoTemper kann die Probe bis zu 115°C erhitzt werden. Die Methodik ist somit geeignet für Hochdurchsatz-Screenings von (hyper)thermophilen Enzymbibliotheken. Die Ergebnisse der vorliegenden Arbeit bestätigen den Verlauf der Hofmeister-Serie. Mit hohen Salzkonzentrationen konnte der Trend der Hofmeister Serie für alle getesteten Enzyme beobachtet werden. Besonders der destabilisierende Anteil der Serie zeigte einheitliches Verhalten zu den Ergebnissen von Hofmeisters Experiment.

Deutsch
Status: Verlagsversion
URN: urn:nbn:de:tuda-tuprints-284053
Sachgruppe der Dewey Dezimalklassifikatin (DDC): 500 Naturwissenschaften und Mathematik > 540 Chemie
Fachbereich(e)/-gebiet(e): 07 Fachbereich Chemie
07 Fachbereich Chemie > Clemens-Schöpf-Institut
07 Fachbereich Chemie > Clemens-Schöpf-Institut > Fachgebiet Organische Chemie
Hinterlegungsdatum: 16 Dez 2024 12:59
Letzte Änderung: 17 Dez 2024 08:16
PPN:
Referenten: Fessner, Prof. Dr. Wolf-Dieter ; Schmitz, Prof. Dr. Katja
Datum der mündlichen Prüfung / Verteidigung / mdl. Prüfung: 6 Mai 2024
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