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Conditional Cell Penetration of a Masked CPP and Optimization of Multimeric CPP-Delivery Modules for Intracellular Cargo Delivery

Hofmann, Sarah (2024)
Conditional Cell Penetration of a Masked CPP and Optimization of Multimeric CPP-Delivery Modules for Intracellular Cargo Delivery.
Technische Universität Darmstadt
doi: 10.26083/tuprints-00028658
Dissertation, Erstveröffentlichung, Verlagsversion

Kurzbeschreibung (Abstract)

The development of biotherapeutics has evolved from less specific small molecule drugs to targeted delivery systems using receptor-specific ligands, lowering therapeutic doses and reducing off-target effects. Most protein therapeutics are developed to target specific proteins on the cell surface, modulating cellular pathways downstream of target binding. Due to their large size and hydrophilic nature, these therapeutics are often limited to extracellular targets, as they cannot permeate the cell membrane. However, since many oncogenic disorders result from dysregulated intracellular protein-protein interactions, targeted intracellular delivery of biomolecules remains a highly desired strategy for therapeutic efficiency. Cell-penetrating peptides (CPPs) are promising molecules for intracellular targeting, as they can translocate themselves and various cargos across cell membranes. However, CPPs would benefit from increased selectivity for tumor cells. This also applies for the intracellular delivery of larger cargos which may require multimerization of CPPs on a scaffold to enhance their ability to interact with the cell membrane for efficient permeation of the cell membrane. This doctoral thesis presents a series of studies aimed at developing conditionally activated CPPs for cell-targeted intracellular delivery and optimizing multimeric CPP delivery modules. In the first part, the cationic and amphiphilic L17E peptide was used as model CPP to generate an activatable CPP and demonstrate the conditional and selective intracellular delivery an attached cargo. The under physiological conditions positively charged lysine residues of the L17E peptide were masked with protecting groups to investigate their role in cellular uptake. An enzymatic cleavage system was then developed to activate the peptide conditionally. Protecting all five lysine residues of the peptide showed impaired cellular uptake, while enzymatic cleavage of the protecting groups resulted in the reactivation of intracellular delivery. A following uptake assay by an ADEPT (Antibody Dependent Enzyme Prodrug Therapy)-like delivery procedure using a HER2-targeting antibody-enzyme conjugate demonstrated the selective delivery of a toxin with increased cell killing observed on the HER2-positive cell line compared to the HER2-negative cell line. Secondly, encouraged by the results on the conditional delivery by the activatable L17E peptide, the concept was extended to a dextran scaffold carrying multiple L17E peptides. However, the delivery of a fluorophore showed ambiguous results and demasking of the protecting groups of the L17E peptide on dextran could not be verified. The third part investigated streptavidin as a versatile multifaceted delivery platform. With its four binding sites, it serves as a scaffold for binding up to four biotinylated components simultaneously. For example, any cargo or dextran-conjugate carrying CPPs, therapeutic drugs, receptor-targeting ligands or any other effector molecule would only need to be biotinylated to be assembled on streptavidin. Since previous investigations using the L17E-dextran conjugates on streptavidin showed significant cytotoxicity, optimization was required. The number of L17E peptides per dextran molecule was optimized and further CPPs were investigated. These included a cell lytic attenuated variant of the L17E peptide, the L17E/Q21E peptide, a stapled peptide ATSP-7041 and an α-helical peptide apCC Di B. Of these new dextran-CPP conjugates, at least two L17E- and L17E/Q21E-dextran conjugates per streptavidin molecule with an eGFP as cargo was required for intracellular delivery of the architecture. Cellular proliferation assays of these streptavidin architectures indicated for successful cellular internalization some cytotoxicity needs to be accepted.

Typ des Eintrags: Dissertation
Erschienen: 2024
Autor(en): Hofmann, Sarah
Art des Eintrags: Erstveröffentlichung
Titel: Conditional Cell Penetration of a Masked CPP and Optimization of Multimeric CPP-Delivery Modules for Intracellular Cargo Delivery
Sprache: Englisch
Referenten: Kolmar, Prof. Dr. Harald ; Neumann, Prof. Dr. Heinz
Publikationsjahr: 13 November 2024
Ort: Darmstadt
Kollation: ix, 213 Seiten
Datum der mündlichen Prüfung: 21 Oktober 2024
DOI: 10.26083/tuprints-00028658
URL / URN: https://tuprints.ulb.tu-darmstadt.de/28658
Kurzbeschreibung (Abstract):

The development of biotherapeutics has evolved from less specific small molecule drugs to targeted delivery systems using receptor-specific ligands, lowering therapeutic doses and reducing off-target effects. Most protein therapeutics are developed to target specific proteins on the cell surface, modulating cellular pathways downstream of target binding. Due to their large size and hydrophilic nature, these therapeutics are often limited to extracellular targets, as they cannot permeate the cell membrane. However, since many oncogenic disorders result from dysregulated intracellular protein-protein interactions, targeted intracellular delivery of biomolecules remains a highly desired strategy for therapeutic efficiency. Cell-penetrating peptides (CPPs) are promising molecules for intracellular targeting, as they can translocate themselves and various cargos across cell membranes. However, CPPs would benefit from increased selectivity for tumor cells. This also applies for the intracellular delivery of larger cargos which may require multimerization of CPPs on a scaffold to enhance their ability to interact with the cell membrane for efficient permeation of the cell membrane. This doctoral thesis presents a series of studies aimed at developing conditionally activated CPPs for cell-targeted intracellular delivery and optimizing multimeric CPP delivery modules. In the first part, the cationic and amphiphilic L17E peptide was used as model CPP to generate an activatable CPP and demonstrate the conditional and selective intracellular delivery an attached cargo. The under physiological conditions positively charged lysine residues of the L17E peptide were masked with protecting groups to investigate their role in cellular uptake. An enzymatic cleavage system was then developed to activate the peptide conditionally. Protecting all five lysine residues of the peptide showed impaired cellular uptake, while enzymatic cleavage of the protecting groups resulted in the reactivation of intracellular delivery. A following uptake assay by an ADEPT (Antibody Dependent Enzyme Prodrug Therapy)-like delivery procedure using a HER2-targeting antibody-enzyme conjugate demonstrated the selective delivery of a toxin with increased cell killing observed on the HER2-positive cell line compared to the HER2-negative cell line. Secondly, encouraged by the results on the conditional delivery by the activatable L17E peptide, the concept was extended to a dextran scaffold carrying multiple L17E peptides. However, the delivery of a fluorophore showed ambiguous results and demasking of the protecting groups of the L17E peptide on dextran could not be verified. The third part investigated streptavidin as a versatile multifaceted delivery platform. With its four binding sites, it serves as a scaffold for binding up to four biotinylated components simultaneously. For example, any cargo or dextran-conjugate carrying CPPs, therapeutic drugs, receptor-targeting ligands or any other effector molecule would only need to be biotinylated to be assembled on streptavidin. Since previous investigations using the L17E-dextran conjugates on streptavidin showed significant cytotoxicity, optimization was required. The number of L17E peptides per dextran molecule was optimized and further CPPs were investigated. These included a cell lytic attenuated variant of the L17E peptide, the L17E/Q21E peptide, a stapled peptide ATSP-7041 and an α-helical peptide apCC Di B. Of these new dextran-CPP conjugates, at least two L17E- and L17E/Q21E-dextran conjugates per streptavidin molecule with an eGFP as cargo was required for intracellular delivery of the architecture. Cellular proliferation assays of these streptavidin architectures indicated for successful cellular internalization some cytotoxicity needs to be accepted.

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Die Entwicklung von Biotherapeutika hat sich von wenig spezifischen niedermolekularen Arzneimitteln hin zu gezielten Verabreichungssystemen mit rezeptorspezifischen Liganden entwickelt, wodurch die therapeutische Dosis gesenkt und Off-Target-Effekte verringert werden. Die meisten Proteintherapeutika werden für spezifische Proteine auf der Zelloberfläche entwickelt und modulieren zelluläre Signalwege, die der Zielbindung nachgeschaltet sind. Aufgrund ihrer Größe und hydrophilen Eigenschaft sind diese Therapeutika zumeist auf extrazelluläre Ziele beschränkt, da diese die Zellmembran nicht durchdringen können. Da jedoch viele onkogene Erkrankungen auf dysregulierte intrazelluläre Protein-Protein-Interaktionen zurückzuführen sind, ist die gezielte intrazelluläre Verabreichung von Biomolekülen für die therapeutische Wirksamkeit nach wie vor sehr wünschenswert. Zellpenetrierende Peptide (engl. cell penetrating peptides, CPPs) bieten eine vielversprechende Strategie, da sie sich selbst und verschiedene Biomoleküle durch die Zellmembran hindurch transportieren können. Allerdings erfolgt diese Internalisierung nicht zellspezifisch, weshalb CPPs von einer erhöhten Selektivität für Tumorzellen profitieren würden. Dies gilt auch für den intrazellulären Transport größerer Frachtmoleküle, welche eine Multimerisierung von CPPs auf einem Gerüst erfordert. Dadurch findet eine erhöhte multivalente Interaktion mit der Zellmembran statt, sodass eine Zellpenetration ermöglicht oder gesteigert werden kann. In dieser Arbeit wird eine Reihe von Studien vorgestellt, die darauf abzielen konditional aktivierte CPPs für die zellgezielte intrazelluläre Verabreichung zu entwickeln und multimere CPP-Verabreichungsmodule zu optimieren. Im ersten Teil wurde das kationische und amphiphile Peptid L17E als Modell-CPP verwendet, um ein aktivierbares CPP zu erzeugen und den konditionalen und selektiven intrazellulären Transport eines angehängten Frachtmoleküls (Cargo) zu demonstrieren. Die unter physiologischen Bedingungen positiv geladenen Lysinreste des L17E-Peptids wurden mit Schutzgruppen maskiert, um ihre Rolle bei der zellulären Aufnahme zu untersuchen. Anschließend wurde ein enzymatisches Spaltsystem entwickelt, um das Peptid konditional zu aktivieren. Der Schutz aller fünf Lysinreste des Peptids führte zu einer Beeinträchtigung der zellulären Aufnahme, während die enzymatische Spaltung der Schutzgruppen zu einer Reaktivierung des intrazellulären Transports führte. Anschließend wurde der konditionale und selektive intrazelluläre Transport eines Toxins mittels eines ADEPT-ähnlichen Verfahrens in einem zellbasierten Assay untersucht. Die Verwendung eines HER2-targetierenden Antikörper-Enzym-Konjugats führte dabei zu einer verstärkten Zelltötung bei der HER2-positiven Zelllinie im Vergleich zur HER2-negativen Zelllinie. Zweitens wurde das Konzept, motiviert durch die Ergebnisse der konditionalen Aktivierung des aktivierbaren L17E-Peptids, auf ein Dextrangerüst ausgeweitet, welches mehrere L17E-Peptide trägt. Der intrazelluläre Transport eines Fluorophors zeigte jedoch keine eindeutigen Ergebnisse und die Demaskierung der Schutzgruppen des L17E-Peptids auf das Dextrangerüst konnte nicht verifiziert werden. Im dritten Teil wurde Streptavidin als Multimerisierungsplattform untersucht. Mit seinen vier Bindungsstellen dient es als Gerüst für die gleichzeitige Bindung von bis zu vier biotinylierten Komponenten. So müsste jedes Cargomolekül oder jedes Dextran-Konjugat, das CPPs, therapeutisch relevante Proteine, rezeptortargetierende Liganden oder andere Effektormoleküle trägt, nur biotinyliert werden, um an Streptavidin gebunden zu werden. Da frühere Untersuchungen mit L17E-Dextran-Konjugaten auf Streptavidin eine erhebliche Zytotoxizität zeigten, war eine Optimierung erforderlich. Die Anzahl der L17E-Peptide pro Dextranmolekül wurde optimiert und weitere CPPs wurden untersucht. Dazu gehörte eine Variante des L17E-Peptids, das L17E/Q21E-Peptid, das cyclische CPP ATSP-7041 und ein α-helikales Peptid apCC Di B. Aus diesen neuen CPPs wurden Dextran-CPP-Konjugate synthetisiert. Mindestens zwei L17E- oder L17E/Q21E-Dextran-Konjugate pro Streptavidinmolekül mit eGFP als Cargo waren nötig für die intrazellulären Aufnahme des Konstrukts. Zellproliferationassays mit den Streptavidin-Architekturen zeigen an, dass auch bei solchen multivalenten Konstrukten für eine erfolgreiche zelluläre Internalisierung eine gewisse Zytotoxizität in Kauf genommen werden muss.

Deutsch
Status: Verlagsversion
URN: urn:nbn:de:tuda-tuprints-286582
Sachgruppe der Dewey Dezimalklassifikatin (DDC): 500 Naturwissenschaften und Mathematik > 540 Chemie
Fachbereich(e)/-gebiet(e): 07 Fachbereich Chemie
07 Fachbereich Chemie > Clemens-Schöpf-Institut > Fachgebiet Biochemie
07 Fachbereich Chemie > Clemens-Schöpf-Institut > Fachgebiet Biochemie > Allgemeine Biochemie
07 Fachbereich Chemie > Clemens-Schöpf-Institut
Hinterlegungsdatum: 13 Nov 2024 13:03
Letzte Änderung: 14 Nov 2024 06:48
PPN:
Referenten: Kolmar, Prof. Dr. Harald ; Neumann, Prof. Dr. Heinz
Datum der mündlichen Prüfung / Verteidigung / mdl. Prüfung: 21 Oktober 2024
Export:
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