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Generative Image Sequence Modeling of Optical Imaging Data

Heck, Kilian Leonard (2023)
Generative Image Sequence Modeling of Optical Imaging Data.
Technische Universität Darmstadt
doi: 10.26083/tuprints-00024413
Dissertation, Erstveröffentlichung, Verlagsversion

Kurzbeschreibung (Abstract)

This thesis focuses on the development of a data processing pipeline for inferring neural activity observed in cat's primary visual cortex. These activity patterns were measured in a grating stimulation paradigm using optical imaging based on fluorescent dyes, more specifically voltage-sensitive dye imaging. While offering a good compromise between spatial and temporal resolution, a low signal-to-noise ratio and dominant technical and biological noise components are inherent properties of the chosen data acquisition method. A high trial-to-trial variability of neural response activity poses additional challenges for data analysis. Further constraints on the chosen processing approach are presented in terms of computational efficiency as well as statistical robustness, which both are requirements for future closed-loop experimental designs. To tackle these aspects, the benefits of deep learning and probabilistic inference are taken advantage of by the utilization of a deep generative model framework, namely a variational autoencoder model architecture. Benchmarking and evaluating deep neural networks commonly requires training data with known ground truth information, which is not available for respective real data. For that purpose, an additional routine for generating synthetic image sequences resembling voltage-sensitive dye imaging recordings was developed. It incorporates knowledge about the data-generating process, including pre-defined spatio-temporal dynamics and typical signal- and artifact-related components. In six parameter studies on basis of both real and synthetic datasets, a wide range of model configurations were tested while considering different pre-processing steps. The thesis concludes with the implication that many of the tested model parametrizations offer a feasible trade-off between image reconstruction quality and model regularization, and can be adequatly used for tracking signal- and noise-related features.

Typ des Eintrags: Dissertation
Erschienen: 2023
Autor(en): Heck, Kilian Leonard
Art des Eintrags: Erstveröffentlichung
Titel: Generative Image Sequence Modeling of Optical Imaging Data
Sprache: Englisch
Referenten: Galuske, Prof. Dr. Ralf ; Koeppl, Prof. Dr. Heinz
Publikationsjahr: 11 Dezember 2023
Ort: Darmstadt
Kollation: xii, 140 Seiten
Datum der mündlichen Prüfung: 6 Oktober 2023
DOI: 10.26083/tuprints-00024413
URL / URN: https://tuprints.ulb.tu-darmstadt.de/24413
Kurzbeschreibung (Abstract):

This thesis focuses on the development of a data processing pipeline for inferring neural activity observed in cat's primary visual cortex. These activity patterns were measured in a grating stimulation paradigm using optical imaging based on fluorescent dyes, more specifically voltage-sensitive dye imaging. While offering a good compromise between spatial and temporal resolution, a low signal-to-noise ratio and dominant technical and biological noise components are inherent properties of the chosen data acquisition method. A high trial-to-trial variability of neural response activity poses additional challenges for data analysis. Further constraints on the chosen processing approach are presented in terms of computational efficiency as well as statistical robustness, which both are requirements for future closed-loop experimental designs. To tackle these aspects, the benefits of deep learning and probabilistic inference are taken advantage of by the utilization of a deep generative model framework, namely a variational autoencoder model architecture. Benchmarking and evaluating deep neural networks commonly requires training data with known ground truth information, which is not available for respective real data. For that purpose, an additional routine for generating synthetic image sequences resembling voltage-sensitive dye imaging recordings was developed. It incorporates knowledge about the data-generating process, including pre-defined spatio-temporal dynamics and typical signal- and artifact-related components. In six parameter studies on basis of both real and synthetic datasets, a wide range of model configurations were tested while considering different pre-processing steps. The thesis concludes with the implication that many of the tested model parametrizations offer a feasible trade-off between image reconstruction quality and model regularization, and can be adequatly used for tracking signal- and noise-related features.

Alternatives oder übersetztes Abstract:
Alternatives AbstractSprache

In der vorliegenden Arbeit wird eine Datenverarbeitungs-Pipeline zur geeigneten Inferenz neuronaler Aktivitätsmuster vorgeschlagen. Diese Aktivität wurde über ein Stimulations-Paradigma mittels bewegter Balken-Muster im primären visuellen Kortex der Katze evoziert und unter Verwendung eines optischen Bildgebungsverfahrens auf Basis von Fluoreszenzfarbstoffen, dem Voltage-Sensitive Dye Imaging, aufgezeichnet. Zwar bietet diese Erhebungsmethode einen guten Kompromiss zwischen räumlicher und zeitlicher Auflösung, jedoch gehen damit auch ein niedriges Signal-Rausch-Verhältnis sowie dominante technische und biologische Störkomponenten einher. Eine hohe Trial-to-Trial-Variabilität der neuronalen Antwortaktivität stellt eine zusätzliche Herausforderung für anschließende Datenanalyse-Schritte dar. Weitere Einschränkungen für den gewählten Verarbeitungsansatz ergeben sich in Bezug auf Recheneffizienz und statistische Robustheit, welche wichtige Anforderungen für künftige Closed-Loop-Experimentaldesigns darstellen. Um mit diesen Aspekten umzugehen, werden die Vorteile des Deep Learnings sowie probabilistischer Inferenz durch Verwendung eines tiefen generativen Modells basierend auf der Modellarchitektur eines Variational Autoencoders genutzt. Für entsprechendes Benchmarking und Evaluation von Deep-Learning-Modellen sind üblicherweise Trainingsdaten mit bekannter Ground Truth erforderlich, welche für die gewählten Realdaten nicht verfügbar sind. Zu diesem Zweck wurde eine zusätzliche Routine zur Generierung synthetischer Bildsequenzen entwickelt, die Aufnahmen des Voltage-Sensitive Dye Imaging ähneln und Vorwissen über den Datengenerierungs-Prozess beinhalten. Dabei wurde die Zusammensetzung über vordefinierte Dynamiken und typische signal- und artefaktbezogene Komponenten auf raum-zeitlicher Ebene vorgenommen. In sechs Parameterstudien auf Basis realer und synthetischer Datensätze wurde unter Berücksichtigung verschiedener Vorprozessierungsschritte ein breites Spektrum an Modellkonfigurationen getestet. Die Arbeit schließt mit der Schlussfolgerung, dass viele der getesteten Modellparametrisierungen einen sinnvollen Kompromiss zwischen Bildrekonstruktions-Qualität und Modell-Regularisierung erzielen können und sich für das Tracking von signal- und rauschbezogenen Merkmalen eignen.

Deutsch
Status: Verlagsversion
URN: urn:nbn:de:tuda-tuprints-244138
Sachgruppe der Dewey Dezimalklassifikatin (DDC): 500 Naturwissenschaften und Mathematik > 570 Biowissenschaften, Biologie
Fachbereich(e)/-gebiet(e): 10 Fachbereich Biologie
10 Fachbereich Biologie > Systemische Neurophysiologie
Hinterlegungsdatum: 11 Dez 2023 13:09
Letzte Änderung: 12 Dez 2023 07:57
PPN:
Referenten: Galuske, Prof. Dr. Ralf ; Koeppl, Prof. Dr. Heinz
Datum der mündlichen Prüfung / Verteidigung / mdl. Prüfung: 6 Oktober 2023
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