Trotz der beeindruckenden Errungenschaften in der Entwicklung niedermolekularer Kinase Inhibitoren, in den vergangenen 25 Jahren, sind für den Großteil der menschlichen Kinasen keine hochwertigen Inhibitoren verfügbar, die als chemische Sonden zur pharmakologischen Untersuchung biologischer Funktionen verwendet werden können. Für viele Vertreter des nicht adressierten Kinoms ist bekannt, dass sie in essenziellen Rollen des Zellzyklus mitwirken und somit ungenutzte Angriffspunkte für Krebstherapien darstellen. NIMA-related Kinase 1 (Nek1) ist eine solche Kinase, welche zuletzt aufgrund ihrer weitreichenden Funktionen in der Ziliogenese, der Apoptoseregulation und der DNA-Schadensantwort Aufmerksamkeit erregt hat, und ist nachweislich an zahlreichen Krebsarten sowie an Ziliopathien und neurodegenerative Erkrankungen beteiligt. Die vorliegende Arbeit beschreibt die auf Struktur-gesteuerten Methoden der Medizinalchemie gestützte Entwicklung der ersten selektiven Werkzeugsubstanzen zur gezielten Hemmung von Nek1. Im ersten Schritt wurden zwei neuartige 7-Azaindol Gerüste aus veröffentlichten Struktur- und Kinase-Cross-Screening-Analysen abgeleitet. Iterative Schritte aus computergestütztem Design, Synthese und Evaluation von Struktur-Aktivitäts-Beziehungen führten zur Identifizierung von sieben Leitstrukturen und die vielverprechendste Verbindung wurde sodann in einem eigenständig entwickelten Zebrafischlebendtiermodell der polyzystischen Nierenerkrankung hinsichtlich ihrer Wirksamkeit, ihrer Toxizität sowie ihrer Bioverfügbarkeit weiter untersucht. Die Behandlung von Zebrafischembryonen mit der Leitsubstanz führte zu einer messbaren Vergrößerung der fluoreszenzmarkierten Vornieren, wodurch die Hypothese, dass die Inhibition von Nek1 im Entwicklungsstadium zur Ausbildung von renalen Zysten führt, bestätigt werden konnte. Die verwendete Methode stellt zudem ein adaptierbares Konzept für die schnelle und ressourceneffiziente Entwicklung weiterer chemischer Sonden auf Basis breit zugänglicher chemogenomischer Datensätze bereit.