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Chemical synthesis of switchable peptide-based nanopores: from ion channels to bio-inspired materials

Mueller, Lena (2019)
Chemical synthesis of switchable peptide-based nanopores: from ion channels to bio-inspired materials.
Technische Universität Darmstadt
doi: 10.25534/tuprints-00011495
Dissertation, Erstveröffentlichung

Kurzbeschreibung (Abstract)

The generation of different types of peptide-based nanopores is elucidated in this work. First, biological nanopores are investigated. Ion channels and pore-forming proteins represent an ultra-selective and ultra-sensitive category of nanopores. Eukaryotic potassium channels are structures of enormous size while prokaryotic potassium channels are comparable in their overall gating behavior but some are extremely reduced in their size. Within this work, the total chemical synthesis of the viral potassium channel KcvNTS is shown using Solid Phase Peptide Synthesis (SPPS) and Native Chemical Ligation (NCL) towards product formation. The main attention is on overcoming the challenging key steps including the substantial insolubility of the extensively hydrophobic fragments. Secondly, hybrid nanopores are generated. Nanopores composed of solid-state materials can be used as a robust and stable scaffold to integrate a selective and sensitive peptide moiety to generate a hybrid nanopore for a sensing application. In this work, the immobilization of the Amino Terminal Cu(II)- and Ni(II) binding motif (ATCUN) to conically shaped PET-based solid state nanopores is undertaken. The generated sensor is tuned (pH 6.5) to only bind Cu(II) leading to the design of a selective and sensitive Cu(II)-sensor (limit of detection in solution 13.5 nM using fluorescence titration; hybrid system in fM range using I-V measurements). Furthermore, the motif is investigated substantially regarding the mandatory histidine moiety. Mutants are designed and examined towards their binding behavior. Additionally, the DNA scission ability of the ATCUN motif and its mutants is investigated towards several plasmids paving the way for the design of a sequencing device using the presented polymer-based hybrid nanopore system.

Typ des Eintrags: Dissertation
Erschienen: 2019
Autor(en): Mueller, Lena
Art des Eintrags: Erstveröffentlichung
Titel: Chemical synthesis of switchable peptide-based nanopores: from ion channels to bio-inspired materials
Sprache: Englisch
Referenten: Tietze, Asst. Prof Alesia A. ; Thiel, Prof. Dr. Gerhard
Publikationsjahr: 13 Dezember 2019
Ort: Darmstadt
Datum der mündlichen Prüfung: 27 Februar 2020
DOI: 10.25534/tuprints-00011495
URL / URN: https://tuprints.ulb.tu-darmstadt.de/11495
Kurzbeschreibung (Abstract):

The generation of different types of peptide-based nanopores is elucidated in this work. First, biological nanopores are investigated. Ion channels and pore-forming proteins represent an ultra-selective and ultra-sensitive category of nanopores. Eukaryotic potassium channels are structures of enormous size while prokaryotic potassium channels are comparable in their overall gating behavior but some are extremely reduced in their size. Within this work, the total chemical synthesis of the viral potassium channel KcvNTS is shown using Solid Phase Peptide Synthesis (SPPS) and Native Chemical Ligation (NCL) towards product formation. The main attention is on overcoming the challenging key steps including the substantial insolubility of the extensively hydrophobic fragments. Secondly, hybrid nanopores are generated. Nanopores composed of solid-state materials can be used as a robust and stable scaffold to integrate a selective and sensitive peptide moiety to generate a hybrid nanopore for a sensing application. In this work, the immobilization of the Amino Terminal Cu(II)- and Ni(II) binding motif (ATCUN) to conically shaped PET-based solid state nanopores is undertaken. The generated sensor is tuned (pH 6.5) to only bind Cu(II) leading to the design of a selective and sensitive Cu(II)-sensor (limit of detection in solution 13.5 nM using fluorescence titration; hybrid system in fM range using I-V measurements). Furthermore, the motif is investigated substantially regarding the mandatory histidine moiety. Mutants are designed and examined towards their binding behavior. Additionally, the DNA scission ability of the ATCUN motif and its mutants is investigated towards several plasmids paving the way for the design of a sequencing device using the presented polymer-based hybrid nanopore system.

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Alternatives AbstractSprache

Die vorliegende Arbeit beschäftigt sich mit der Herstellung unterschiedlicher Arten von Nanoporen. Zuerst wird der Fokus auf biologische Nanoporen, zu denen Ionenkanäle und andere Poren-formende Proteine gehören, gelegt. Eukaryotische Kaliumkanäle sind Strukturen von enormer Größe. Einige prokaryotische Kaliumkanäle hingegen, sind in ihrer Größe extrem reduziert, während sie in der Funktion und ihrem gating Verhalten vergleichbar sind. In dieser Arbeit wird die chemische Synthese von KcvNTS dargestellt. Hierzu wird die Festphasenpeptidsynthesis (SPPS) und Native Chemische Ligation (NCL) verwendet. Dabei liegt der Fokus auf der Bewältigung der Schwierigkeiten in der SPPS, NCL und Analytik, die mit der extremen Hydrophobizität der membran-spannenden Fragmente einhergeht. Im nächsten Teil liegt das Hauptaugenmerk auf der Herstellung eines Sensors, basierend auf Hybrid-Nanoporen. Hierbei wird ein ATCUN Motif (Amino Terminal Cu(II)- and Ni(II) Binding Motif) mit sensorischen Eigenschaften in konische Nanoporen einer PET Folie immobilisiert. Mit diesem Sensor ist es möglich, durch eine Einstellung des pH (pH 6,5), eine selektive Cu(II) Bindung zu erreichen, um Cu(II) sensitiv nachweisen zu können (limit of detection 13,5 nM über Titration, im fM Bereich über I-V Messungen). Darüber hinaus werden Mutanten dieses Motifs hergestellt, die nicht mehr das verbindliche Histidin enthalten. Diese werden bezüglich ihrer Bindungseigenschaften untersucht. Weiterhin ist bekannt, dass ATCUN Peptide DNA schneiden und linearisieren können. Diese Eigenschaft wird für das ATCUN motif, sowie die Mutanten untersucht mit dem Ziel, ein Sequenzierungsgerät auf Grundlage der zuvor dargestellten Hybridnanopore herzustellen.

Deutsch
URN: urn:nbn:de:tuda-tuprints-114951
Sachgruppe der Dewey Dezimalklassifikatin (DDC): 500 Naturwissenschaften und Mathematik > 500 Naturwissenschaften
500 Naturwissenschaften und Mathematik > 540 Chemie
Fachbereich(e)/-gebiet(e): 07 Fachbereich Chemie
07 Fachbereich Chemie > Clemens-Schöpf-Institut > Fachgebiet Biochemie
Hinterlegungsdatum: 02 Jun 2020 07:31
Letzte Änderung: 09 Jun 2020 06:18
PPN:
Referenten: Tietze, Asst. Prof Alesia A. ; Thiel, Prof. Dr. Gerhard
Datum der mündlichen Prüfung / Verteidigung / mdl. Prüfung: 27 Februar 2020
Export:
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