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Using Human Visual Intelligence - Multiple Sequence Alignment as Serious Game

Baumann, Leander (2012):
Using Human Visual Intelligence - Multiple Sequence Alignment as Serious Game.
TU Darmstadt, [Bachelor Thesis]

Abstract

This paper deals with Multiple Sequence Alignment (MSA) and the difficulties to derive optimal results from computer algorithms, especially when comparing hundreds of sequences or more. It is common to improve outputs of computer MSA with manual alignment, because humans can find badly aligned areas with little training and improve them. This idea is applied to an online serious game, which gives players the opportunity to improve alignments. Afterwards, other players then improve the previous results. This game can directly run in a modern browser without the need of any plugins or local installation. Similar existing projects are Foldit CKT+10 and Phylo KRK+12. The result of this project has the state of a prototype and is only a proof of concept. This includes the controls for the player which do not allow an efficient and comfortable improvement on alignments so far. Diese Thesis behandelt das Thema Multiple Sequence Alignment (MSA) und das Problem, optimale Ergebnisse nur durch Algorithmen zu erhalten, insbesondere wenn viele hundert Sequenzen oder mehr verglichen werden. Es hat sich gezeigt, dass Menschen dazu in der Lage sind, bei einem computergenerierten MSA Schwachstellen mit wenig Training zu erkennen und auszubessern. Diese Erkenntnis wird in einem Serious Game umgesetzt, welches beliebigen Spielern in der ganzen Welt ermöglicht, kleine Verbesserungen einzubringen und ein MSA immer weiter zu verbessern. Das Spiel ist in einem modernen Browser lauffähig, ohne die Installation weiterer Plugins oder lokalen Veränderungen. Ähnliche Projekte sind Foldit CKT+10 und Phylo KRK+12. Das Ergebnis dieser Thesis ist ein Prototyp, der nicht komfortabel zu spielen ist und einem Spieler keinen ausreichenden Einstieg in die Problemstellung gibt.

Item Type: Bachelor Thesis
Erschienen: 2012
Creators: Baumann, Leander
Title: Using Human Visual Intelligence - Multiple Sequence Alignment as Serious Game
Language: English
Abstract:

This paper deals with Multiple Sequence Alignment (MSA) and the difficulties to derive optimal results from computer algorithms, especially when comparing hundreds of sequences or more. It is common to improve outputs of computer MSA with manual alignment, because humans can find badly aligned areas with little training and improve them. This idea is applied to an online serious game, which gives players the opportunity to improve alignments. Afterwards, other players then improve the previous results. This game can directly run in a modern browser without the need of any plugins or local installation. Similar existing projects are Foldit CKT+10 and Phylo KRK+12. The result of this project has the state of a prototype and is only a proof of concept. This includes the controls for the player which do not allow an efficient and comfortable improvement on alignments so far. Diese Thesis behandelt das Thema Multiple Sequence Alignment (MSA) und das Problem, optimale Ergebnisse nur durch Algorithmen zu erhalten, insbesondere wenn viele hundert Sequenzen oder mehr verglichen werden. Es hat sich gezeigt, dass Menschen dazu in der Lage sind, bei einem computergenerierten MSA Schwachstellen mit wenig Training zu erkennen und auszubessern. Diese Erkenntnis wird in einem Serious Game umgesetzt, welches beliebigen Spielern in der ganzen Welt ermöglicht, kleine Verbesserungen einzubringen und ein MSA immer weiter zu verbessern. Das Spiel ist in einem modernen Browser lauffähig, ohne die Installation weiterer Plugins oder lokalen Veränderungen. Ähnliche Projekte sind Foldit CKT+10 und Phylo KRK+12. Das Ergebnis dieser Thesis ist ein Prototyp, der nicht komfortabel zu spielen ist und einem Spieler keinen ausreichenden Einstieg in die Problemstellung gibt.

Uncontrolled Keywords: Serious games, Web applications, Sequence alignment, Color perception
Divisions: 20 Department of Computer Science
20 Department of Computer Science > Interactive Graphics Systems
Date Deposited: 12 Nov 2018 11:16
Additional Information:

30 p.

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